Hidup di masyarakat yang dipenuhi manusia super membuat sulit untuk merasa istimewa. Apalagi ketika sorotan hanya tertuju pada para pahlawan profesional—mereka yang secara hukum diizinkan menggunakan kekuatan spesial mereka, yang disebut Quirk, demi kebaikan bersama. Kouichi Haimawari tumbuh dengan impian menjadi pahlawan, namun dengan Quirk biasa-biasa saja seperti “meluncur” di permukaan tanah, ia menyadari bahwa dirinya hanya bisa mengagumi para pahlawan dari kejauhan. Meski begitu, Kouichi tetap menemukan kepuasan dalam menggunakan Quirk-nya untuk melakukan kebaikan kecil sehari-hari, seperti mengembalikan barang hilang atau membantu orang tua menyeberang jalan. Namun, kehidupan tenangnya berubah drastis saat ia diselamatkan dari perkelahian di gang oleh seorang vigilante (pahlawan ilegal) bernama Knuckleduster. Melihat potensi dalam diri Kouichi, Knuckleduster mengajaknya bergabung untuk menyelidiki asal-usul obat berbahaya bernama Trigger, yang dapat meningkatkan kekuatan Quirk penggunanya tetapi menghilangkan akal sehat mereka. Berlatar sebelum kejadian dalam cerita utama, Vigilante: Boku no Hero Academia Illegals mengikuti perjalanan Kouichi yang memutuskan untuk mengenakan “topeng” penjahat dan menjadi vigilante—beroperasi di luar hukum demi mencegah kejahatan menyebar ke permukaan.